故事的序曲从国中一年级开始。长相乖巧可爱的少女吉冈双叶（内田真礼 配音）不擅长应付男生，总觉得男生很讨厌，唯独隔壁班的田中，在她眼中是一个特别的存在。然而，和田中的青涩恋情还没开始，就随着他的转校而凋谢。　　转眼间，双叶已经是高一学生。因为国中时曾经被班上的女生排挤，她决定伪装自己原本的样子。 在一个平常的课间，她意外遇见一个长得很像田中的男生，他的身高和声音都跟国中时相差很大，这个叫马渕洸（梶裕贵 配音）的男生究竟是不是当年那个腼腆秀气的田中？　　砰然心跳，稚嫩青涩的闪烁青春，已经拉开帷幕。

战国时代，号称霸王的织田信长，在现代日本复活了。但，却是以柴犬的样貌！与信长同时代的战场名将们，也全都转生成了狗。现代的群雄割据，是在遛狗场中……！？

故事发生在一个虚构的世界之中，在这里，突然之间出现了古代王朝遗迹群，人们称之为“迷宫”。在迷宫里，隐藏着数之不尽的宝物，而其中最为人津津乐道的，就是被称为“魔神金属器”的魔器。然而，想要得到这些宝物却并不是一件容易的事情，与之相伴的，是无处不在的危险和敌人。                                                                    　　阿里巴巴（梶裕贵 配音）是一位乐于助人的善良青年，一次偶然中，他结识了名为阿拉丁（石原夏织 配音）的少年。一场意外让阿里巴巴背负上了巨额的债务，于是，他决定同阿拉丁，以及被其解放的怪力女奴隶（户松遥 配音）一起攻克传说中最复杂却也是隐藏了最多宝物的第七迷宫。

住在以第七迷宫为中心的城镇，支乡的年轻人阿里巴巴，通过做着车夫的打工逐渐实现着自己攻略迷宫，成为大富翁的梦想。这样的一天，他与为寻找『魔神的金属器』而旅行着的迷之少年，阿拉丁相遇了。阿里巴巴在目睹了潜藏于他所持有的笛中的『乌戈君』的力量后，向阿拉丁提出了共同进行迷宫攻略的邀请。 魔笛MAGI第二季全集动画预定播放内容为原作的大圣母篇。