一个名为“阿卡姆”的民间组织受到远古文明留下的讯息启发而成立。旨在保护及封印超古代文明的危险遗迹。加入“阿卡姆”的特殊工作人员，人们称之为SPRIGGAN。其中实力No.1的特工是一位叫作御神苗优（森久保祥太郎 配音）的十七岁少年。在土耳其的一次调查工作中，“阿卡姆”竟无意地发现了诺亚方舟。方舟隐藏着毁天灭地的神秘力量，于是很多组织都开始窥伺这个传说中的远古遗迹。美国派出了半机械改造人小队与“阿卡姆”展开激烈的遗迹争夺战。而其中一个以神自称的改造人少年竟想私自利用挪亚方舟引发第二次洪水灭世……御神苗优是否能够阻止这一疯狂的计划呢？世界将会走向灭亡吗？

战后的日本格局混乱，黑道横行。盘踞关西大阪的淡野组通过各种非法勾当不断壮大，并开始蚕食周边。经过几次战争，淡野组一统关西，随之开始了进军关东的计划。为对抗入侵者，东京周边的黑社会团伙组成了关东联合会阻击淡野组。在此期间，淡野组•滨中组和关东联合会•樱田组发生接连发生一系列小规模的代理战争。　　服刑八年的冢本铁男（鹤田浩二 饰）视滨中组组长如亲生父亲，组长遇刺，他决心刺杀樱田组长报仇。经过决议，其兄弟椿五郎（内出良平 饰）请求北龙会的宫原一义（若山富三郎 饰）出手相助，淡野组长（内田朝雄 饰）则寻求政客为靠山。双方战争不断扩大化，而无辜的牺牲者也继续增加……

昭和38年，明石组系与神和会系两派发动的广岛战争愈演愈烈，期间不断有无辜市民遇害。受舆论和民众的巨大压力，警方动员所有力量，发动名为“顶上作战”的打击黑势力的行动。　　广能昌三（菅原文太 饰）为壮大实力，说服中立派义西会会长冈岛友次（小池朝雄 饰）加入明石一派。同时，广能组干部河西清（八名信夫 饰）被刺，双方战争扩大化，袭击事件频发。明石组岩井（梅宫辰夫 饰）出计借河西葬礼之际集结西日本同盟，给山守组突然袭击。然计划被打本（加藤武 饰）泄漏，山守义雄（金子信雄 饰）向警方检举，广能被捕。之后广能组成员遇袭、冈岛被刺等一系列事件使明石一派处于劣势。但很快义西会干部藤田正一（松方弘树 饰）填补空缺，和山守组少壮派武田明（小林旭 饰）展开新一轮对抗。　　而警方针对所有黑帮干部的行动也同时开始……