在星奏学院里，学生被分为两类，一类是就读于普通科的平凡学生，另一类是就读于音乐科的能够看见音乐精灵的演奏天才。在一次偶然中，普通科的日野香穗子（高木礼子 配音）撞见了音乐精灵莉莉（水桥香织 配音）。莉莉赠予了完全不同音律的香穗子一把魔法小提琴，只要和小提琴心意相通，就算是完全没有经验的初学者也可以演奏出美妙的旋律。　　凭借着魔法小提琴，香穗子被选中参加了学校的音乐演奏会。这突如其来的新人遭到了许多学生的妒忌和算计，但香穗子也因此结识了一帮热爱音乐的良师益友。冷酷毒舌的月森莲（谷山纪章 配音），沉默温柔的志水桂一（福山润 配音），开朗率真的土浦梁太郎（伊藤健太郎 配音），双重性格的柚木梓马（岸尾大辅 配音），在和这些天才们相处的过程中，香穗子发现，自己对于音乐的心意渐渐的发生了变化。

学校里的音乐大赛结束了。可是日野香穗子仍然一如既往地进行着小提琴的练习。她再次对自己与其它参赛选手之间的实力差距有了认识，但仍然抱着喜欢小提琴的心情全心投入地继续努力着。可是此时有一个看到她练习时样子的少年卫藤桐也，却对她的努力报以冷淡的语言。而且随着星奏学院下一任理长吉罗晓彦的登场，发生了更加令人震惊的事件！在这种情形下，香穗子的面前又出现了一个神秘的转学生加地葵……

小日向奏的琴弦：那不是香穗子的琴，而是奏小得时候参加比赛会时琴弦断了，当时参加比赛的另一个人也就是冥加看见了，给小日向奏换了一条金色的琴弦，而小日向奏赢得了比赛，而冥加输给了她。冥加当时还有一个妹妹，他们没有父母，有人看上了冥加的小提琴演奏才华，提出只要赢得比赛就领养他与他的妹妹，但是比赛中遇到了奏，奏偷听到了冥加与别人的交易，知道冥加只要赢了比赛就能被人领养，便故意输给了冥加。冥加觉得那是在侮辱他所尊敬的音乐，所以冥加就对奏怀恨在心，同时也视其为唯一的对手，而奏觉得是自己的演奏伤害了别人，从此以后比赛在不尽力，也失去了她原有的小提琴水平。

故事发生在位于关东南部的川神市，春天来临，万物复苏，平凡的少年直江大和（神谷浩史 配音）来到了川神学园，准备在这里开始全新的校园生活。刚刚开学，校园里是一副欣欣向荣的热闹景象，在这里，大和会遇见怎样有趣的伙伴，又会发生怎样有趣的故事呢？　　活泼开朗，古灵精怪的川神百代（浅川悠 配音）、四肢发达，头脑简单的川神一子（友永朱音 配音）、温文尔雅，温柔大方的黛由纪江（后藤邑子 配音）、外冷内热，坚强韧性的椎名京（冰青 配音），心高气傲，绝不认输的克丽丝蒂安妮·弗里德里希（伊藤静 配音），围绕在大和身边的，正是这些性格迥异但同样善良正直的美少女们。

頂級教室爭奪戰即將開打，召喚獸現身吧！　　「我不要這種教室啦！」──笨蛋明久的喊叫聲響遍校園。這裡就是以嚴格分班制度聞名的文月學園。在A段班教室，有完善的冷暖空調及可調式座椅供優秀的精英們使用；而明久所分配到的放牛班教室裡，只有破舊飯桌跟爛掉的榻榻米。為了心儀已久的元氣少女瑞希，明久慫恿班長雄二展開一場激烈的組別戰爭。一場使用學園開發的試驗召喚獸，爭奪頂級教室使用權的危險賭注就要開始啦！

作为实现愿望的代价，在无人知晓的情况下不断战斗的魔法少女们。然而，环伊吕波，却忘记了自己的愿望。“成为魔法少女的时候，我是许了什么愿望来着？”日常当中突然出现的空洞。失去了的某件重要之物。连理由都不知道，就这样kkju.cc每天不停地战斗…… 就在此时，魔法少女之间开始流传某个传闻。“若能去神滨的话，魔法少女就能得到拯救”。魔法少女与传闻集中的城市，神滨市。寻求着自己失去的愿望，环伊吕波的故事开始了——

1943年 欧洲战场局势神秘莫测，卡特兰的异形军横行霸道，不可一世，令世界笼罩在恐怖与死亡的阴影中。关键时刻，一群少女挺身而出，与邪魔军团展开殊死较量。这些少女被称为“魔法少女（Witch）”，自远古时代她们便冲锋陷阵，凭借深藏体内的魔力与各种威胁人类存在的怪兽展开搏斗。在魔法少女组成的机械化航空步兵的阻击下，异形军最终败退，而这群女孩也功成身退，散落世界各地。美丽少女宫藤芳佳（福圆美里 配音）即是其中的一员，战后她返回故乡扶桑皇国，以成为优秀的医师作为奋斗目标。这一天，扶桑皇国海军学校一号生服部静夏（内田彩 配音）前来拜访，邀请芳佳前往欧洲的威尼西亚公国留学。　　身怀绝技的美丽魔法少女们从四面八方再次云集，欢乐玩笑之际，却不知贼心不死的异形军正悄悄逼近……

梦见成为Prima的灯里，开始对自己早已熟悉了的日常风景开始感到困惑不安。即使梦醒之后这种不安仍然没有消除，灯里的脑子里慢慢出现了这样一个疑问：“为什么艾莉西亚会选择自己（进AIRA COMPANY）呢？”为了解答灯里梦中的疑问，艾莉西亚开始讲述自己的过去。慢慢的，灯里入社、AIRA公司的过往历史被一页页翻开。从创建AIRA的全能领航员奶奶开始，AIRA公司代代传承的东西和思想到底是什么呢？

作品的故事设定在现今的21世纪，猫神 茧与普通人类柚子一起生活。柚子的父母因为意外生亡，所以柚子从小便一人继承了古董店“八百万堂”。而在这寄居的茧，虽然是负责守护被遗忘的万物和记忆的神明，但在作品中只是一个只顾吃、喝、玩及睡的猫神。在作品中，除了茧外，也将会有很多很多不同的各式神明陆续登场，热热闹闹地交织出一部轻松的喜剧。

抱持着帮助他人而化身魔法少女，与此同时却必须背负着残酷的命运。在接二连三的战斗中，善良的美树沙耶加（喜多村英梨 配音）彻底耗尽自己的生命。当她的尸体被晓美焰（斋藤千和 配音）和佐仓杏子（野中蓝 配音）带回时，令她的好友鹿目圆（悠木碧 配音）感受到前所未有的悲伤与痛苦。而从丘比（加藤英美里 配音）那里听说到魔法少女的宿命之说，不禁让她受到前所未有的触动。在杏子的建议下，小圆决定救助沙耶加，而她们即将与最强的魔女之夜（水桥香织 配音）碰面。有关魔女的前途与生命，她们走上一条凶险非常的道路……　　本片为魔法少女的剧场版，分三部上映，由TV版12话重新编集而成。