2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石 珍珠》（Pokémon Diamond Pearl，简称DP）。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟。　　新登场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版。为了成为顶尖协调训练家，小光从家乡双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取最初的神奇宝贝。而同一时间，小智也抵达神奥地区，并在那里和小刚再度会合。机缘巧合，小光救了被火箭队抓走的皮卡丘，三人就一同结伴旅行，展开了新的旅程。　　《神奇宝贝珍珠 钻石》每周四在日本首播。台湾也由中视进行转播，网络上能够找到前105集的国语配音。

向地球袭来的大危机！　　这个夏天奔奔者将肩负燃爆的任务！

1999年，传说中的地球末日。母亲的逝世，让司狼神威（关智一 配音）回到了阔别6年之久的东京，与当初青梅竹马的兄妹俩桃生封真（成田剑 配音）和桃生小鸟（岩男润子 配音）重逢。而这段重逢开启了一段命运的大门。这段命定的重逢关系着地球的安危和人类的未来。而神威则是一切的关键，是两大敌对势力“天之龙”与“地之龙”所争夺的对象。对于世界会变成怎样，神威并不在乎。但小鸟和封真已卷入了这场世纪的争斗，为了守护心爱的女孩和青梅竹马的伙伴，神威最终选择了“天之龙”，捍卫地球和人类，而封真则站在了他的对立面。一场命运之战就此拉开序幕，无数人卷入其中，死亡变的触手可及，而一切却已无法阻止……                                                                    　　本片改编自CLAMP的同名漫画，自1992年开始连载，漫画目前处于休刊中，尚未完结。