刑事案件的审判有罪率99.9%——在绝对不可能反转的状况中，拘泥被留下的0.1%的可能性追求事实！　　在日本如果被起诉，99.9%会被判有罪！但是古怪的深山大翔认为只要找出真相，纵使清白机率只有0.1%就有逆转翻案的可能.

从小异于常人的黑崎一护，在一次机缘巧合下遭遇女死神“朽木露琪亚ccc。露琪亚是将灵魂从现实世界引领到尸魂界的收魂者之一，他们为保护人类不被“虚”侵害，一直在与这些怪物战斗。在与一只异常强大的“虚”战斗时，露琪亚身负重伤，无奈只能将死神的力量暂时转给黑崎一护，让其代为战斗。两人经过一段时间的磨合后并肩战斗，终于战胜了当年害死一护母亲的“虚”，但在这期间，露琪亚的兄长朽木白哉强迫她不顾黑崎一护的生命安危收回法力。露琪亚为保护一护，拖延到与“虚”的战斗结束，并清除了一护的记忆……

一代电影巨匠藤堂俊之介悄然离世，他生前曾拍过三部未公开的短片。如今这些短片保存在遗孀良枝（井口恭子 饰）的手中，据说短片中藏着一个重要的秘密，可是良枝和家人却始终未能解开谜团。为此，藤堂家请来了号称能够解开世界上所有谜题的橘子酱夫人（川口春奈 饰）及其助手葡萄醋夫人（高畑淳子 饰）。所有相关人等到齐，三部短片正式放映。《旋风》讲述了女学生佐智子对小镇医生的爱慕和与好友之间的情感碰撞；《镜子》讲述了青年买到一面古董镜子，不久神秘女子（中越典子 饰）出现在镜中；《山童》讲述了曾经发愿百度参拜（御百度を踏む）的小女孩，迄今她的脚步声仍回荡在空无一人的山中。　　本片是别出心裁的互动电影，放映过程中给观众留出思考答案的时间，正确答案在“解答篇”公布，答对的观众其名字也将在演职人员名单中出现。

[特别难解之谜 解答篇]是由中村义洋执导、川口春奈主演的逃出游戏真人电影[特别难解之谜 出题篇]的后续电影，影片主题曲由世界尽头乐队演唱。