现在，全世界所有人都在使用的智能手机App。　　那里潜藏着无人知晓的存在·Applimonster，通称“Appmon”。　　Appmon是具备能够自主思考行动的人工智能的App生命体，　　在人类世界与数码空间的间隙中，为系统及人类发挥着机能。　　但，潜藏在网络之海中的“凶恶的最终BOSS人工智能·利维坦”　　化作病毒控制了Appmon们，并开始黑入各个系统，　　企图从网络一侧控制人类的世界。　　主人公少年·新海春，　　获得了被伟大的意志引导的“App驱动”，　　并使来自“App芯片”的搜索App·GATCHIMON实体化了。　　隐藏在“App驱动”中的谜团，　　处在Appmon所潜藏的网络世界与现实世界之间的不可思议的“场”，　　以及2只Appmon进化的“App合体”到底是什么？“利维坦”真正的目标究竟是……！？　　爱好读书的少年春，与搜索App的怪兽·GATCHIMON这一对凸凹组合，　　奔驰于现代世界的新感觉搭档物语，　　现在启动！

——赌上一切去挑战。上吧，才能的原石们啊。改变时代的，是我们“Blue Lock（蓝色监狱）”—— 　　为了培育出带领日本获得W杯优胜的射手，日本足联设立了“Blue Lock（蓝色监狱）”计划。 　　被邀请参与计划的是300名高中生。 　　而且全员都是FW（前锋）。 　　身处一旦被淘汰就会失去将来加入日本足球代表资格的极限状态下，被选中的才能的原石们逐渐觉醒了身为射手的Ego。 　　时而踢落他人，时而凭自身的进化从严苛的选拔中生存下来的35人。 　　跨越了盘旋着Ego的、狂热的生存战的他们，赌上“Blue Lock（蓝色监狱）”计划的存续，向与U-20日本代表展开的史上最疯狂的决胜赛（Big Match）发起挑战！ 　　现在，为了将自己的Ego铭刻于世，为了亲手改变命运，史上最炽热的战斗即将开始。